Кафедра микробиологии Казанского ветеринарного института является одним из старейших микробиологических учреждений страны.

Бактериологическая станция Казанского ветеринарного института явилась родоначальницей кафедры микробиологии, которая оформилась в 1892 г на базе кафедры эпизоотологии. Таким образом, будучи оформлена юридически в 1917 году, фактически она работала с 1892 года.

Одним из основателей Казанской ветеринарной научной школы являлся И.Н. Ланге, который заведовал кафедрой микробиологии КВИ с 1892 по 1906 г.г. Его труды посвящены изучению инфекционных болезней животных. Он разработал и внедрил вакцины I и II против сибирской язвы. При нем учреждено издание журнала «Ученые записки КВИ».

С 1906 г. по 1917 год заведующим кафедрой работал Н.Д. Степанов. Он в 1909 году выпустил учебник «Краткий курс инфекционных болезней домашних животных».

Продолжателем научных направлений И.Н. Ланге был М.П. Тушнов, который возглавлял кафедру с 1917 по 1931 год. Тушнов М.П. и его ученики провели важные и широкие исследования биологических и иммуногенных свойств патогенных микробов, была создана лаборатория по выпуску гистолизатов для практики.

С 1931 по 1936 год кафедру возглавлял Н.П. Руфимский, который продолжал научные исследования по изучению гистолизатов для стимуляции продуктивности с/х животных, а также им был создан бруцеллин для аллергической диагностики бруцеллеза.

С 1937 по 1943 год заведующим кафедрой работал проф. М.В. Рево. Его работы посвящены проблемам борьбы с сибирской язвой, бруцеллезом и туберкулезом и изучению противовирусного иммунитета.

С 1945 по 1969 год работал заведующим кафедрой Х.Х.Абдуллин. В результате многолетних научных исследований Х.Х.Абдуллин и его ученики предложили практической ветеринарии вакцины против бруцеллеза крупного рогатого скота, против листериоза, вакцину из местных штаммов против колибактериоза телят, дезинфектанты и т.д. Под руководством Х.Х.Абдуллина выполнены и успешно защищены 5 докторских и 43 кандидатские диссертации. В научной, школе проф. Абдуллина Х.Х. большой вклад в науку внесли его ученики профессора К.М. Салмаков, Д.Ш. Ахмеров, В.П. Кивалкина, О.А. Котылев, И.Н. Хайруллин и др.

С 1969 по 1987 год заведующим возглавила кафедру В.П. Кивалкина. Она являлась создателем направления по изучению антимикробных, иммуностимулирующих и лечебных свойств прополиса.

В 2006 году за цикл работ по изучению прополиса сотрудники кафедры стали лауреатами премии им. проф. К.Г.Боля, присуждаемой АН РТ.

С 1987 по 2007 года кафедру возглавлял проф. Р.Г. Госманов. В эти годы коллектив кафедры, продолжая традиции школы микробиологов, трудится над решением вопросов, связанных с инфекционной патологией и иммунитетом животных.

С 2007 по настоящее время заведует кафедрой Галиуллин А.К. доктор ветеринарных наук, профессор.

На кафедре подготовлены и защищены 26 докторские и кандидатские диссертации.